Nasceu em Lisboa, em 3 de outubro de 1733. Moço fidalgo, formou-se em leis pela Universidade de Coimbra, em 1758.

Exerceu diversos cargos na administração portuguesa, como juiz do crime nos bairros do Castelo (1758) e Alfama (1765), desembargador da Relação e Casa do Porto (1768), desembargador dos Agravos da Casa de Suplicação (1771), fiscal da Junta da Administração da Companhia de Paraíba e Pernambuco (1774), superintendente-geral dos Contrabandos e Descaminhos dos Reais Direitos [1775], contador da Fazenda (1776), desembargo do Paço (1786), administrador-geral da Alfândega do Açúcar, provedor dos feitos das alfândegas do Reino (1781) e chanceler-mor do Reino (1803).

Em 1780 foi nomeado Intendente Geral da Polícia da Corte e do Reino. No reinado de D. Maria I, como Intendente-Geral da Polícia reprimiu as ideias oriundas da Revolução Francesa, proibindo a circulação de livros e publicações e perseguindo os intelectuais, especialmente os maçons que ele culpava de terem conspirado a favor da revolução.

A Real Casa Pia de Lisboa (Lisboa, 3 de julho de 1780), fundada por Pina Manique, começou a funcionar no Castelo de São Jorge, em Lisboa, sendo inicialmente destinada a recolher ladrões, prostitutas, proxenetas, mendigos e todos aqueles que “denegriam a sociedade lisboeta” de então. Esta instituição destinava-se à educação de órfãos e à recuperação de mendigos e vadios através do trabalho.

“Entre os Indigentes e os desamparados há génios tão superiores que servirão de glória à Nação se esta olhar por eles”. Frase proferida pelo fundador da Casa Pia de Lisboa. Na opinião de Pina Manique, tal como «as casas idênticas que há pela Europa (…) são entretidas à custa da Fazenda do Estado», era dever do Estado português suportar também os seus encargos.

José Maria Latino Coelho, militar, escritor, jornalista e político português refere o seguinte sobre esta obra de Pina Manique: “Assim como os estudos de D. Dinis, restaurados e engrandecidos pelo Marquês de Pombal, eram a escola das classes privilegiadas burguesas ou fidalgas, a Casa Pia era a universidade plebeia, a nova academia dos proletários. Não era apenas como a casa de correcção fundada no arsenal da marinha pelo ministro de D. José, uma simples oficina penal, antes era um instituto, onde o ensino nas diversas formas e a acção da educação mais curavam de afeiçoar bons cidadãos que de sequestrar os criminosos ao contacto da sociedade”

Pina Manique foi também responsável pela iluminação pública das ruas de Lisboa. Na noite de 17 de novembro de 1780, as principais ruas de Lisboa brilharam à luz de 770 candeeiros.

Por ordem de 27 de abril de 1781, estabeleceu em Portugal o sistema da inspeção sanitária das meretrizes e pôs cobro à relaxação a que tinham chegado as rodas dos expostos.

Incentivou o povoamento de áreas desocupadas do Alentejo com colonos provenientes dos Açores. Ocupou-se da manutenção de algumas das principais estradas de acesso à capital, como a que ligava os palácios de Queluz e da Ajuda, a de Palhavã (atual Praça de Espanha) à Porcalhota (atual Amadora), e fez grandes melhoramentos na estrada de Santarém a Alverca.

Enviado pelo 1º cônsul (e futuro imperador) Napoleão Bonaparte, o embaixador de França, general Lannes, exerceu todo o tipo de pressões sobre o príncipe regente D. João (futuro D. João VI), com o objetivo de levar Pina Manique, que na altura fazia a vigilância das alfândegas, a fechar os olhos ao contrabando francês, de que era  beneficiário o próprio embaixador. O intendente não cedeu, mas em 1803 D. João acabou por ver-se forçado a demiti-lo. Contudo, sempre, com todas as atenções, conservou-lhe o ordenado que vencia, dizendo no decreto, datado de 14 março de 1803, que a demissão era dada a pedido e instância do demitido.

Pina Manique morreu passados dois anos, depois de um atentado a caminho da sua vila de Manique do Intendente, tendo sido levado para o seu palácio da Travessa da Cruz, em Lisboa, nos Anjos. Tinha 71 anos.

Mecenas das artes e das ciências, patrocinou viagens de estudo a Roma a pintores como Domingos Sequeira e Vieira Portuense, e a estudantes de cirurgia a Edimburgo e Londres.