Ficou conhecido como o “Apóstolo” do Oriente.

A convite de D. João III, a Companhia de Jesus estabeleceu-se em Portugal em 1540, logo a seguir à sua criação (a 27 de Setembro de 1540, o Papa Paulo III aprova a criação da Companhia de Jesus, pela bula ―Regimini Militantis Ecclesiae.

Francisco de Xavier na sua estadia em Portugal e antes de partir para o Oriente escreveu uma carta a Inácio de Loyola e a Coduri onde refere o seguinte: «D´acá os hago saber como el Rey, paresciéndole bien nuestro modo de proceder, así por la experiencia que tiene del fruto espiritual que se hace, como esperando mayor cuantos mas fueren, está deliberado de hacer un colegio y una casa de los nuestros, es a saber, de la Compañia de Jesus…».
Afirmava que:
«…Este verano en la Universidad de Coimbra edificará el colégio, y la casa pienso en la cidad de Ébora» (1).
Em pouco tempo constroem-se três importantes estabelecimentos em Lisboa, entre muitos outros espalhados pelo país de Norte a Sul.
Francisco Xavier, já missionário em Goa, alertava para a preparação de “soldados de Deus”. Não importava que fossem letrados, mas tinham que ser bem exercitados (2). Noviciados, colégios e universidades unidos num projecto comum onde a qualidade de acção, a preparação adequada e contínua e uma ocupação constante para o atendimento das almas eram requisitos obrigatórios para educar os futuros ―soldados de Deus.

Está sepultado na Basílica do Bom Jesus em Velha Goa (Índia) onde é venerado como homem santo.

O papa Paulo V beatificou-o a 21 de outubro de 1619 e Gregório XV declarou-o santo a 12 de março de 1622.

A capela de São Francisco Xavier foi concluída em 1659. É uma mistura de mármore, cobre e madeira em diversos níveis, cada um ricamente decorado. Encimando o altar, logo após os dois anjos ladeando o brasão, está o sarcófago de prata com seis módulos de vidros duplos onde repousa o seu corpo. Magnífica caixa de prata feita por artistas goeses, onde repousa o corpo do Apóstolo do Oriente, oferecida pelo grão-duque da Toscana, Cosimo III Medice, executada por Giovanni Battista Foggini, cerca de 1697.

(1)Monumenta Historica Societatis Iesu, Cartas de San Ignacio, pp. 443-447;

LOPES, António, D. Pedro Mascarenhas: Introdutor da Companhia de Jesus em Portugal, 2003, p.168.

(2) GOMES, Manuel Pereira, Santo Inácio e a fundação de Colégios, p. 41.

(3) S. Francisco Xavier despedindo-se de D. João III antes da viagem para a Índia. O rei está ao centro, tomando as mãos do santo e, ao lado, encontra-se o Padre Simão Rodrigues, introdutor da Companhia de Jesus em Portugal. A receção decorre no Paço da Ribeira, vendo-se o Tejo ao fundo, e a corte é composta por membros do clero e da nobreza, incluindo membros das três ordens militares, identificadas pelas respetivas cruzes: Cristo, Santiago e Avis.

Veja-se, inclusive, Maria Cristina Osswald, S. Francisco Xavier no Oriente – aspectos de devoção e iconografia. In https://ler.letras.up.pt/uploads/ficheiros/4322.pdf